近年隨著國民人口結構持續高齡化、對特殊兒童早期療育介入的重視，及長期照護政策廣為推展等國家大環境的牽動因素下，對具備有精進專業知識及技能之物理治療人才的需求量大增。本碩士班課程之規劃旨在培養我國物理治療之專業人才，以提升專業知能與研究水準。畢業最低學分為30學分，必修課程為17學分（含6學分的碩士論文）。

    課程內容是以物理治療專業中各特色臨床領域為基礎，以全人照護、健康促進、功能恢復為方針，再輔以臨床研究計畫的設計與參與，來培育臨床專業能力與實證研究能力兼備之人才。本系於各物理治療專門領域中，均有臨床實務資深師資足以涵蓋相關特色領域，包括臨床決策分析、物理治療評估與治療技術之講授及技術示範；課程的教授也包含臨床實作、問題導向學習方式等，並與其研究活動或實證討論課程互相搭配。本系碩士班之臨床專業及研究知能相符於國內及國際的學術潮流與專業發展趨勢。